พลเอก พลเรือเอก พลอากาศเอก นิพัทธ์ ทองเล็ก เกิดเมื่อ 14 ตุลาคม 2498 ที่โรงพยาบาลจังหวัดฉะเชิงเทรา เป็นบุตรของพันเอก สนอง และนางไพเราะ ทองเล็ก สมรสกับทันตแพทย์หญิง รัตนาวดี ทองเล็ก มีบุตรชาย 2 คน คือ พ.ต.นิติพัทธ์ ทองเล็ก เจ้าพนักงานในพระองค์ ตำแหน่งประเภททั่วไป ระดับชำนาญงาน งานมหาดเล็ก ฝ่ายพระราชวัง กองกิจการในพระองค์สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช ฯ สยามมกุฎราชกุมาร สำนักพระราชวัง[3] และนพ. กิตติพัฒน์ ทองเล็ก